Apesar de seu extremo heroísmo, Sam é ainda um adolescente comum, com as ansiedades diárias sobre ir para a universidade, deixando para trás sua namorada Mikaela (Megan Fox) e separando-se de seus pais (Kevin Dunn e Julie White) pela primeira vez. É claro que existe ainda mais uma dificuldade que é tentar explicar sua partida para seu mais novo amigo e guardião robô, Bumblebee.O objetivo de Sam é ter um estilo de vida universitária normal, mas para isso, terá que ignorar seu destino.

Enquanto Sam tenta, da melhor maneira possível, esquecer o conflito de Mission City e retornar à sua rotina diária, a batalha entre os Autobots e os Decepticons, mesmo tendo sido um incidente ultra-secreto, provocou muitas mudanças. Desde então, o Setor 7 foi dispensado e o seu mais leal soldado, Agente Simmons (John Turturro), foi sumariamente demitido. No seu lugar foi criada uma nova agência, a NEST.

Usando experientes comandantes de campo como Lennox (Josh Duhamel) e Epps (Tyrese Gibson), a NEST procura trabalhar lado a lado com os Autobots para evitar outro combate mortal com os Decepticons. Infelizmente, o Consultor da Segurança Nacional Theodore Galloway (John Benjamin Hickey) possui pouca visão para entender completamente os implacáveis e enormes perigos que existem. Interessado em assumir o controle de todas as organizações de defesa, juntamente com seu potencial de poder e, ao mesmo tempo, eliminar o que ele considera uma agência governamental supérflua, Galloway se dedica a acabar com a NEST, acreditando que qualquer ameaça de guerra já não existe há tempos. Ele está convencido de que os humanos não compartilham nenhum interesse especial na disputa dos Autobots com os Decepticons.

Justamente quando a vida está quase normal na faculdade de Sam, onde ele se adapta a um novo, porém controlador, colega de quarto, Leo (Ramon Rodriguez), e a uma nova amiga também controladora, mas muito mais atraente, Alice (Isabel Lucas), Sam repentinamente é perturbado por visões que brilham em seu cérebro como raios. Com medo de estar sofrendo da demência que atormentava seu avô, Sam mantém suas visões em segredo até que não consegue mais ignorar as mensagens e símbolos que passam através de sua mente.

Apesar de seus melhores planos, Sam está novamente no centro de um cabo de guerra entre os Autobots e os Decepticons com o destino do Universo em jogo. Sem que seja do seu conhecimento, somente Sam tem a chave para o resultado da luta entre o mal e o supremo poder do bem. Com a ajuda de seus amigos, do pessoal da NEST e até mesmo de seus pais, Sam finalmente aprende a assumir os direitos dos Witwickys, não mais se escondendo do legado de sua família: Sem sacrifício, não há vitória."

A estreia está marcada para 26 de junho de 2009.